O Programa possui 3 (três) grandes linhas de pesquisa.
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A primeira delas em CONTROLE E QUALIDADE DE PRODUTOS DE ORIGEM ANIMAL (P.O.A.) que é descrita como o Controle de qualidade microbiológico e físico-químico de P.O.A., incluindo análise sensorial, determinação de micro e macro constituintes, controle de aditivos intencionais e incidentais e de microrganismos da deterioração e toxinfecção alimentar.
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A segunda denominada INSPEÇÃO, HIGIENE ANIMAL E DE SEUS DERIVADOS, que abrange todo o campo de conhecimento de interesse da Inspeção Sanitária de Produtos de Origem Animal; da Saúde Pública e Medicina Veterinária Preventiva, no que se refere às zoonoses, toxinfecções alimentares e produtividade.
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A terceira grande linha denominada como PROCESSAMENTO TECNOLÓGICO DE PRODUTOS DE ORIGEM ANIMAL que envolve todo o campo do processamento industrial de produtos de origem animal e derivados, não só de interesse da inspeção higiênico-sanitária animal como também a ciência de alimentos e dos processos tecnológicos envolvidos, incluindo os seus derivados.
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