El programa tiene 3 (tres) principales líneas de investigación.
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La primera de ellas en CONTROL Y CALIDAD DE PRODUCTOS DE ORIGEN ANIMAL (POA) que se describe como Control de Calidad Microbiológico y fisicoquímico de POA., incluyendo análisis sensorial, determinación de micro y macro constituyentes, control de aditivos intencionales e incidentales y microorganismos del deterioro e intoxicación de los alimentos.
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La segunda llamada INSPECCIÓN, HIGIENE ANIMAL Y SUS SUBPRODUCTOS, que abarca todo el campo de conocimiento de interés para la Inspección Sanitaria de Productos de Origen Animal; de Salud Pública y Medicina Veterinaria Preventiva, en materia de zoonosis,
intoxicaciones alimentarias y productividad.
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La tercera línea principal llamada PROCESAMIENTO TECNOLÓGICO DE PRODUCTOS DE ORIGEN ANIMAL que abarca todo el campo de procesamiento industrial de productos de origen animal y subproductos, no sólo de interés para la inspección higiénico-sanitaria animal sino también para la ciencia de los alimentos y de los procesos tecnológicos implicados, incluidos sus subproductos.
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